Prologue Lazarus
A Lazarus Project egy Cerberus projekt volt, melynek egyetlen célja, hogy Shepard parancsnokot visszahozza a halálból.
Miután Shepard parancsnok a Begyűjtők SSV Normandiát elpusztító támadásában meghal, a Cerberus vissza tudja szerezni Shepard holttestét Liara T'Soni segítségével. A Rejtőzködő Ember hozza létre és pénzeli a Lazarus Project-et, gyakorlatilag korlátlan erőforrásokat mozgósítva, abban a meggyőződésben, hogy csak Shepard képes megszüntetni a Kaszások fenyegetését, miközben a Tanács tétlenkedik. A nagyszabású projekt 2 évig tartott és több mint 4 milliárd kreditet emésztett fel. A projekt végrehajtását a Miranda Lawson és asszisztense, Wilson által irányított Lazarus sejt vállalta el. A helyreállítás tartalmazta:
- kibernetikus implantátumok csatlakoztatását a parancsnok csontvázának helyreállításához,
- a bőr helyreállítását,
- folyadékok befecskendezését a véráram és a belső szervek újraindításához.
Az egyetlen dolog, amit a Rejtőzködő Ember elutasított, egy irányító chip beültetése a parancsnok agyába, attól tartva, hogy befolyásolhatja Shepard személyiségét és képességeit. A projekt részeként Shepard átesett egy arc helyreállításon és részben elvesztette meglévő képességeit és adottságait. A projektet 2185-ben siker koronázta, mikor Shepard-nek sikerült visszaszerezni teljes neurológiai aktivitását.
Mikor kísérletet tettek arra, hogy ellopják Shepard parancsnok személyazonosságát, a parancsnok lenyomozta a személyt és kiderítette, hogy ő nem más, mint egy Cerberus által létrehozott klón. A klónt titokban tartották, hogy tartalék szervek és egyéb testrészek forrásaként használják Shepard visszatéréséig a Lazarus Project alatt, de sohasem használták, így továbbra is tárolták. Egy kiábrándult egykori Cerberus ügynök, Maya Brooks ébresztette fel hat hónappal a Kaszások inváziója előtt, és Brooks meggyőzte, hogy ölje meg és vegye át az eredeti Shepard személyazonosságát az emberpárti tervek megvalósítása érdekében. Shepard megakadályozta, hogy a klón megszökjön a Fellegvárból a Normandia SR-2-vel. A klónt megölték és Brooks-ot is elfogták vagy megölték.
A Cronos Állomás elleni támadás alatt, közel a Kaszások elleni háború végéhez, néhány Lazarus Project felvételt fedeztek fel az állomáson. Ezekben Miranda Lawson az állítja, hogy Shepard "helyreállítása" genetikai vagy idegi károsodás nélkül zajlott le a Rejtőzködő Ember kívánságai szerint.