A játékot Shepard parancsnokként kezded, másodtisztként az SSV Normandia nevű űrhajó fedélzetén. A karakteralkotást követően bevezető képekben hallod, amint éppen Shepardről beszélnek páran, majd végigsétálva a fedélzeten a pilótafülkébe vezet a videó. Joker és Kaidan Alenko párbeszédét hallgatva némi információt kapsz a helyzetedről, arról, hogy az Normandia egy protptípus, melyet a turiánok és az emberek közösen készítettek. Továbbá, hogy feltételezhetően emiatt egy turián is a fedélzeten tartózkodik. Ő Nihlus Kryik, egy elit Fantom ügynök, aki a Fellegvárban székelő Tanácsnak dolgozik. Éppen az Éden Egyes békés bolygója felé tartotok egy tesztküldetésre.
Majd utasítást kapsz, hogy a kommunikációs szobában találkozz Anderson kapitánnyal. Ezt követően adja át a játék az irányítást. Indulj el hátrafelé a hajón, a pilótafülékből rövid úton a hídra jutsz, itt beszédbe elegyedhetsz pár emberrel, ne hagyd ki a lehetőséget. Először Pressleyvel, a navigátorral találkozol. Az ajtó mellett, nem messze a csillagtérképtől pedig Doktor Chakwas és Jenkins tizedes beszélget. Velük mindenféleképpen folytass párbeszédet, mert erre nem lesz több lehetőséged. Kérdezz a Fantomokról és az Éden Egyesről is.
Ezt követően lépj be a kommunikációs szobába, ahol meglepetésedre Nihlus vár rád. A turián kifejti, hogy örül, amiért te érkeztél korábban, mert szeretne veled pár szót váltani négyszemközt. Használd ki az alkalmat, faggasd ki minden felmerülő témáról. A rövid párbeszéd után érkezik Anderson kapitány és tájékoztat a küldetés igazi természetéről, ami egy nem rég feltárt Protheai Jeladó elszállítása. Az is kiderül, hogy a küldetésnek van egyéb jelentősége is. Megtudod, hogy Shepardöt nevét előterjesztették, mint Fantom-jelöltet. Ez azt jelenti, hogy te válhatnál az első emberi Fantommá, vagyis ez egy nagyon fontos lépés lenne az emberiség számára. Nihlus azért van jelen, hogy értékelje a teljesítményed, és megbizonyosodjon alkalmasságodról.
A beszélgetést Joker bejelentkezése szakítja félbe. Adást fogtak az Éden Egyesről, azonnal be is adja a kivetítőre. Egy segélyhívásról van szó, mely egy emberi osztagotól érkezett az Éden Egyesről. Támadás alatt állnak és segítséget kérnek. A küldetésed innentől kezdve más jelleget ölt, bár továbbra is elsődleges fontosságú a jeladó elszállítása. Miután Nihlus egyedül indul neki, hogy kiderítse, mi történt - mondván egyedül gyorsabban halad - Shepard két csapattárssal, Jenkins tizedessel és Kaiden Alenko hadnaggyal elindul felderíteni a kolóniát.